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• Andere Ausarbeitung über den Terpentin samt einer (unbeendigten) Abhandlung über den Honig. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1500)
• Apoteken Tax der Stadt Anneberg, und würderung aller Ertzneyen, so inn der Apoteken alda verkaufft werden : In itziger Visitation der billigkeit nach geordnet und gestalt, Welche mit fleis gehalten und vollendet den 17. Julij des jetzlauffenden Jahrs (1563)
• Astronomia Magna (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 12) (1537)
• Auslegung der Papstbilder (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 12) (1532)
• Baseler Wintervorlesungen 1527/28 über tartarische Erkrankungen, über spezielle Pathologie und Therapie (Paragraphen), über Wunden und Wundbehandlung. Entwürfe zu einer polemisch gehaltenen Chirurgie (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 5) (1527)
• Bruchstücke des Buches Von den fünf Entien … (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 1) (1520)
• Bruchstücke über Thermalwässer. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1500)
• Büchlein Von der Pest an die Stadt Sterzingen (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1534)
• Churfürstliche Brandenburgische Medicinal-Ordnung und Taxa (1694)
• Das 6., 7. und 8. Buch in der Arznei. Von tartarischen und psychischen Krankheiten und Von Kontrakturen und Lähmungen (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1520)
• Das Buch De Mineralibus. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Das Buch Paragranum. Letzte Bearbeitung in vier Abschnitten. (1530) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Das Buch von den tartarischen Krankheiten, dem Pfarrer Dr. jur. Johann von Brant in Eferdingen gewidmet (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 11) (1537)
• Das Buch von der Gebärung der empfindlichen Dinge in der Vernunft (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 1) (1520)
• De Fundamento Scientiarum Sapientiaeque, drei Traktate. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (Schriften unbestimmter Zeit, vermutlich ab 1529 verfasst.)
• De Meteoris, ein Buch in 10 Kapiteln: Liber meteorum. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (1566)
• De Transmutationibus Metallorum, nur das 9. und 10. Buch, De Cementis und De gradationibus. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• De eclipsi solis (29. März 1530) - weiteres zur Practica gemacht auf Europen von 1529. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• De viribus membrorum 6 Bücher, unvollständig. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Des Heiligen Reichs-Statt Ulm Ernewerter Tax aller Artzneyen, welche daselbsten in den Apothecken gefunden werden (1664)
• Die 9 Bücher de Natura rerum, an Johansen Winkelsteiner zu Freiburg im Üchtland, angeblich Villach 1537. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 11) (1537)
• Die Bücher von den unsichtbaren KrankheitenDie Bücher von den unsichtbaren Krankheiten (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1531)
• Die Prognostation auf 24 zukünftige Jahre (1537 - 1560) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 10) (1536)
• Die beiden Bücher De renovatione et restauratione und vom langen Leben (S.221). (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1626)
• Die drei (vier) Bücher des Opus Paramirum. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1531)
• Die große Wunderarznei. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 10) (1536)
• Drei Bücher der Wundarznei, Bertheonei. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 6) (1528)
• Drei weitere Konsilien. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 10) (1536)
• Ein Bruchstück vom Wein und Ein Büchlein De Lithiasi, gleichfalls fragmentarisch, das Älteste zur Tartarus-Lehre. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1500)
• Ein Büchlein. De generatione hominis. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 1) (1520)
• Ein Mantischer Entwurf, geben zu München. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 10) (1536)
• Ein Sendschreiben Hohenheims an den Rat der Stadt Nürnberg. (1530) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Ein Vorwort. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (1529)
• Ein newer Albertus Magus (1549)
• Ein ärztlicher Ratschlag für Adam Reißner, Stadtschreiber zu Mindelheim (bei Memmingen). 1535. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 10) (1535)
• Einige Konzepte zum Morbus caducus (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Elf Traktat von Ursprung, Ursache, Zeichen und Kur einzelner Krankheiten … (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 1) (1520)
• Entwürfe und vorläufige Ausarbeitungen zur Syphilis. (1528 und 1529.) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 7) (1528)
• Entwürfe, Notizen und Ausarbeitungen zur Bertheonea von Hohenheims eigener Hand, vorwiegend aus dem Anfang des Jahres 1528. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 6) (1528)
• Fragmentarisches zu Anatomie und Physiologie. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Fragmentarisches zu den Virtutes Herbarum und Kräften anderer Naturdinge. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1500)
• Herbarius oder Gart der Gesundheit (1485)
• Herbarius, von den Heilwirkungen der Nieswurz, der Persicaria, des Salzes , der Engel-Distel, der Korallen und des Magneten. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1500)
• Historia und Beschreibung influentischer, elementischer und natürlicher Wirckungen aller fremden und heimischen Erdgewechssen, auch jrer Subtiliteten, sampt warhafftiger und künstlicher Conterfeitung derselbigen, auch aller teiler ... am menschlichen Cörper, nebend fürbildung aller zu der Extraction dienstlichen Instrumenten, ... (1578)
• Historischer Bericht Von dem Hohen-Loischen Heyl- und Wunder-Brunnen Des ... Herrn Christiani, Hertzogs zu Sachsen ... postulirter Administrator des Stiffts Merseburg ... : Allen Preßhafften und Gott vertrauenden/ (mit einem Unterricht/ wie solcher Brunnen zu gebrauchen/ und wie man sich in der Cur halten soll) zur Nachricht heraus gegeben/ nebst zwey zu Gott umb glükliche Cur/ Anruffungs- und einen Dank-Lied/ mit einem Neuen Verzeichnis derer/ so (vom 6. Junii 1677. biß diese Zeit gesund worden (1677)
• Kirchenordnung wie es mit der Christlichen Lehre/ heyligen Sacramenten/ und Ceremonien/ in des Durchleuchtigsten/ Hochgebornen Fürsten und Herrn/ Herrn Friderichs Pfaltzgraffen bey Rhein des heyligen Römischen Reichs Erztruchsessen und Churfürsten / Herzogen in Bayern / Churfürstenthumb gehalten wirdt (1601)
• Konsilien und Verwandtes aus den Jahren 1537-1541. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 11) (1537)
• Kreuterbuch Deß hochgelehrten Herrn Dr. Petri Andreae Matthioli. Jetzt wiederum mit vielen schönen neuen Figuren auch nützlichen Arzeneien und andern guten Skizzen zum dritten mal aus sonderm Fleiß gemehret und verfertigt durch Joachim Cammerarium. Ins deutsche übersetzt von Georg Handsch von Limus (1626)
• Labyrinthus medicorum errantium. Vom Irrgang der Ärzte (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 11) (1537)
• Libellus de Xylohebeno (Guayak) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Liber Praeparationum (De Praeparationibus.) Fragment. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Liber de Imaginibus (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (1. Hälfte 16.Jh)
• Liber de animalibus ex sodomia natis. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 14) (2. Hälfte 16. Jh.)
• Neun Bücher Archidoxis. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1525)
• New Kreuterbuch, in welchem nit allein die gantz histori, ... des meysten theyls der Kreuter so in Teutschen und andern Landen wachsen, ... beschriben, sonder auch aller derselben wurtzel, stengel, ... abgebildet und contrafayt ist (1543)
• Nova et numeris omnibus absoluta designatio et valor Medicamentorum omnium, et Simplicium + Compositorum, quae in Officina Pharmaceutica Zellensi Prostant. Oder: Gründ- und ausführliche Verzeichnüß Aller Arzeneyen, so wohl einfachen als zusammengesetzt , wie selbe in der Hoch-Fürstlichen Zellischen Aphotheken zu finden, auch nebst beygefügter Tax allda verkauffet werden (1691)
• Ordnung der Apotecken, wie es mit denselben in der keiserlichen freyen Reichs-Stadt Speier soll gehalten werden : sampt verordneten Tax, wie nemlich unnd in was Werth, alle Artzneyen ... durch die Apotecker hinfürter verkaufft und gegeben werden solle (1614)
• Philosophia ad Athenienses. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (1564)
• Philosophia de generationibus et fructibus quatuor elementorum. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (1590)
• Philosophia magna, de divinis operibus et seretis naturae. Volumen primum. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 14) (Mitte 16. Jh.)
• Philosophiae tractatus quinque (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (Mitte 16. Jh.)
• Politisch-astrologisches Schriftwerk aus dem Jahre 1529 und aus dem Beginn des Jahres 1530. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 7) (1529)
• Practica teutsch aufs 1535. Jahr. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1535)
• Praktiken und Verwandtes zur mantischen Praxis aus den Jahren 1537-1541. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 11) (1537)
• Proceß und Art des Spiritus Vitrioli. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Prognostication auf 24 jar zukünftig (Ed. Sudhoff) (1536)
• Reformation Oder Ernewerte Ordtnung der Statt Franckfurt am Mayn, die Pflege der Gesundtheit betreffendt: Welche den Medicis, Apotheckern vnd andern angehörigen daselbsten, auch sonsten jedermänniglichen zur Nachrichtung gegeben worden; Beneben dem Tax vnd Werth der Artzneyen, welche in den Apothecken allda zufinden (1612)
• Reformation unnd Ordnung beyder der Julius Universitet unnd Erbarn Rhats Apoteken zu Helmstadt, auch Taxa oder Wirderung aller Materialien, so in beyden Apoteken verhanden und verkaufft werden (1600)
• Reformation, oder erneuerte Ordnung deß Heyl. Reichs Stadt Franckfurt am Mayn, die Pflege der Gesundheit betreffend; welche den Medicis, Apotheckern, Materialisten, und andern Angehörigen daselbsten, auch sonsten jedermänniglich zur Nachrichtung gegeben worden : beneben dem Tax und Werth der Artzneyen, welche in den Apothecken allda zu finden (1687)
• Scholia et oberservationes in Poemata Macri. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1527)
• Schriften über Kometen, Erdbeben, Friedbogen, Himmelszeichen (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1531)
• Sieben Defensiones. Verantwortung über etliche Verunglimpfungen seiner Mißgönner (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 11) (1537)
• Spital-Buch (Erster Teil) 1529 (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 7) (1529)
• Tabellarisch gruppierte Übersichten allgemeiner Krankheitstypen (Theoricae figurae universalium morborum) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Taxa, oder Billigmässige Würderung aller Materialien unnd Artzneyen / so in der Stadt Apothecken zu Koburg zu bekommen und verkaufft werden (1618)
• Valor Sive Taxatio Omnium Materier. Medicarum Tam Simplicium Quam Compositarum, Quae In Officina Pharmaceutica Swinphordiana ad Amplissimum Senatum eius loci spectante venundantur : Hoc est, Apothecken Tax, der Statt Schweinfurt, In was werth alle und jede Artzneyen, an Simplicibus und Compositis, in der Apothecken daselbsten, forthin sollen verkaufft und gegeben werden ... / ... vermehret durch Leonhardum Bauschium (1614)
• Vom Holz Guajaco gründlicher Heilung. 1529. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 7) (1529)
• Von Blatern, Lämbi, Beulen, Löchern und Zitrachten der Franzosen und irs Gleichen, inhaltend zehn schöne Bücher. ... 11. Juni 1528. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 6) (1528)
• Von Ursprung und Herkommen der Franzosen samt der Recepten Heilung, acht Bücher. 1529. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 7) (1529)
• Von allen ofnen Scheden, so aus der Natur geboren werden, sieben Bücher, ... August 1528. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 6) (1528)
• Von den ersten dreien Principiis. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 3) (1500)
• Von den hinfallenden Siechtagen (De Caducis liber I) (Ostern 1530). (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Von den natürlichen Bädern (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1525)
• Von den natürlichen Dingen (Das erst Buch)(Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1520)
• Von den natürlichen Wassern, Buch drei , vier und fünf. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 2) (1500)
• Von der Bergsucht und anderen Bergkrankheiten (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1533)
• Von der französischen Krankheit drei Bücher Para. 1529, 23. November. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 7) (1529)
• Von des Bades Pfäfers Tugenden, Kräften und Wirkung, Ursprung und Herkommen, Regiment und Ordnung. Pfäfers, 31. August 1535. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 9) (1535)
• Von hinfallenden Siechtagen der Mutter (Hysterie) - De Caduco matricis (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Vorarbeitung und Fragmente zu den Büchern von allen ofnen Schäden (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 6) (1500)
• Vorlesungen des Sommers 1527 zu Basel: De Gradibus, von Apostemen, Geschwären, offnen Schäden… (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 4) (1527)
• Vorrede und erste beide Bücher des Paragranum (1530) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Weiteres in Konzepten und Ausarbeitungen zu den Meteoren (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 13) (Erste Hälfte 16.Jh)
• Weiteres zur Astronomia Magna (Entwürfe). (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 12) (Mitte 16. Jh.)
• Zwei Bruchstücke eines Büchleins vom Mercurio, Amberg im Juli 1530. (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1530)
• Zwei Bücher von der Pestilenz und ihren Zufällen. (Nördlingen 1529 oder '30) (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 8) (1529)
• Zwei frühe Ausarbeitungen über das Podagra … (Ed. Sudhoff, Sämtliche Werke. Abt. 1, Bd. 1) (1500)